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1、从银杏种子形状特征上区分。银杏种子头圆而具双棱的，种后为出雌株，核果头尖而具三棱的，种后为出雄株，播种育苗时可以此来鉴别。但是银杏种子育苗一般母树占百分之九十五以上，而公树只能占百分之五左右，所以银杏种子育苗长出来的银杏树大多数都是母树。
2、公银杏树的花粉 母银杏树的花。从花形态上区分：雄株只长雄花，雌株不开花，只结果。雄株属先花后叶植物，雄株的花芽饱满，顶端较平。雌树直接结出豆型的银杏果。而雄树所开的花在四月初能正常开开，花的形状非常像毛毛虫，也像我们经常吃的桑心子，而母树所接结的银杏果则像一个个小蝌蚪，待公树的花粉成熟而随风飘落的时候，就会飘到这些银杏果跟前，进而达到授粉的目的。
3、从植株形态及生长习性上区分。同龄苗木的比较：雌株常比雄株矮小，但茎干较为粗壮，且横枝比雄株多而零乱，早春发芽也较雄株晚，但入秋落叶却比雄株早，而成冠时间较雄株早。
4、枝叶的比较雌株比雄株叶片小而绿，叶片中心缺裂较浅，不到叶中部，雄株叶片中心缺裂深，多超过叶片中部：雄株短枝较短，仅1cm～2cm。雌株短枝由于多年连续结种，可以延伸到10cm以上，所以短枝显得较长。
5、主枝与主干的夹角比较：雌株主枝与主干的夹角大，可达50°以上，看上去向外平展甚至有时下垂，乱而向四方扩展．雄株主枝与主干的夹角小，大多在30°以内，有的几近平行于主干生长，挺而向上的枝条看起来比雌株粗壮好看。
6、树冠的比较雌株树冠形成常比雄株早，而且树冠顶平或稍突起，呈卵性或圆头形，而雄株却相反。 银杏是雌雄异株的植物，因为雄株只长雄花，雌株只长雌花，雌雄结合受精后才能结果繁殖，这样，一个地方如果只有雄株或者只有雌株、银杏树是无法繁殖的，因此，种植者要根据需要按合理的雌雄株比例种植，才能达到预期的目的。
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