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通道蛋白不属于载体蛋白，载体蛋白和通道蛋白都是细胞膜上运输物质的载体。但载体蛋白既包括主动运输的蛋白质，也包括协助扩散的蛋白质，载体蛋白相当于结合在细胞膜上的酶，有特异性结合位点，可与底物（溶质）发生暂时的、可逆性的结合和分离，且一种特异性载体只转运一种类型的分子或离子。而通道蛋白只是协助扩散的蛋白质，它是一类跨越细胞膜双分子层的蛋白质,它所介导的被动运输不需要溶质分子与其结合，而是横跨膜形成亲水通道，允许大小适宜的分子和带电离子通过。通道蛋白可以是单体蛋白，也可以是多亚基组成的蛋白，它们都是通过疏水的氨基酸链进行重排，形成水性通道。
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