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1、可引起一系列胃肠道反应，如恶心、呕吐，腹胀、腹泻、腹痛，还可引起便秘及转氨酶升高（多为一过性，停药后恢复）。
2、据另有国外资料报道长期服用奥美拉唑，有可能会引发萎缩性胃炎及增加艰难梭菌感染的风险。
3、贫血，由于长期应用药物可引起胃酸缺乏，影响维生素B12和铁元素的吸收。
4、有骨折的风险，据研究长期服用药物可引起影响钙吸收及钙磷代谢，有引起骨折的风险。因此除了是长期需要口服激素或糜烂性食管炎、巴雷特食管炎等患者外，不建议长期服用药物。
5、长期应用药物有可引起急性间质性肾炎及过敏症风险。
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