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1、检察院和法院性质不同。检察院是法律监督机关和公诉案件的审查起诉机关，而法院则是国家的审判机关，法院与上级法院之间是审判监督关系，不是检察院之间的领导关系。
2、两者的职能不同。法院是依据法律作出裁判和强制执行的职责，检察院是对执法机关和司法机关进行监督。法院与检察院的主要联系是检察院有权依法监督法院的审判过程，并对法院的违法审判有权提出纠纷意见与提出抗诉等；在刑事公诉案件中，检察院和法院是分工协作，互相配合，互相监督的关系。
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