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我国卫生部颁布的食品微生物指标有菌落总数、大肠菌群和致病菌三项。
1、菌落总数
菌落总数是指食品检样经过处理，在一定条件下培养后所得1克或1毫升检样中所含细菌菌落的总数。
2、大肠菌群
大肠菌群包括大肠杆菌和产气杆菌的一些中间类型的细菌。
3、致病菌
致病菌既能够引起人们发病的细菌。
4、霉菌及其毒素
我国还没有制定出霉菌的具体指标，鉴于有很多霉菌能够产生毒素，引起疾病，故应该对产毒霉菌进行检验。
5、其它指标
微生物指标还应包括病毒，肝炎病毒、猪瘟病毒、鸡新城疫病毒、马立克氏病毒、口蹄疫病毒，狂犬病病毒，猪水泡病毒等；另外，从食品检验的角度考虑，寄生虫也被列为微生物检验的指标。
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