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乳酸菌在常温下只能短时间保存，否则可能变质或活性下降。活性乳酸菌饮料必须在冷藏的条件下运输、销售和储存，否则在很短的时间内，里面的活性菌就会大量死亡，造成活性下降，从而失去保健功能，甚至可能变成有害无益。如果是乳酸菌饮料，室温保存可以3-5天，时间不宜太长，如果是其他乳酸菌食品，建议冰箱4-5度保存，乳酸菌不宜在室温下保存。如果单单是为了使该菌存活，也最好不要室温保存，因为过了指数生长期后，会渐渐衰老。
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